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La tradición dice que el nombre viene del puente románico sobre el río Arga, que mandó construir en el siglo XI una reina de Navarra, a menudo identificada con Muniadona de Castilla, esposa de Sancho el Mayor, o con Estefanía, esposa de García el de Nájera. José María Jimeno Jurío creía que derivaba de un originario Pons Rune, donde Runa sería el antiguo nombre del Arga, derivado a su vez de Iruña, Pamplona en vasco. El nombre vasco, Gares, dejó de usarse con el euskera en la comarca a finales del siglo XIX y se recuperó en la segunda mitad del XX; es cooficial hoy. Su origen es enigmático: algunos lo relacionan con gari, «trigo», y lo traducen por «trigales». Coloquialmente se llama a la localidad Puente.
Existen varios yacimientos arqueológicos que hacen pensar en una temprana ocupación del territorio de Valdizarbe; muy cerca, en Mendigorría, están las ruinas de la ciudad romana de Andelos. Alfonso I el Batallador dio carta puebla a una población de francos para que se establecieran a orillas del Arga, en el emplazamiento de la antigua aldea vascona de Garesch, Garex o Garez, «trigales» según algunas fuentes. En 1122 se les concedió el Fuero de Estella.