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El nombre de Puerto de la Cruz se debe a una cruz que plantaron los nuevos colonos en el muelle recién construido. En origen, el lugar se llamaba Puerto de la Orotava, por ser el principal punto de embarque del valle de La Orotava, pero ya desde finales del siglo XVI se le llamaba también Puerto de la Cruz.
El territorio del actual término municipal está habitado desde época guanche, como demuestran los yacimientos arqueológicos encontrados. Pertenecía al reino o menceyato de Taoro, y los principales asentamientos estaban en las cuevas naturales de los riscos de Martiánez, donde también hay necrópolis y lugares de culto formados por conjuntos ceremoniales de cazoletas y canales excavados en la roca.
Los orígenes de la ciudad se remontan a principios del siglo XVI, pues en 1502 ya existía actividad portuaria en el litoral, aunque el núcleo de población dependía de La Orotava. Sus habitantes se conocen como «portuenses».