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El nombre de Puerto del Rosario se debe a su condición de puerto y a la advocación mariana de la patrona de la localidad, la Virgen del Rosario. El municipio toma su nombre del de su capital administrativa.
El lugar se conocía inicialmente como Puerto de Cabras o Puerto Cabras, por la presencia histórica de rebaños de cabras que pastaban en su litoral. El 6 de marzo de 1956, las autoridades municipales solicitaron el cambio por el de Puerto del Rosario, porque consideraban que el apelativo de Cabras era «un vejamen de tipo permanente que se presta a la ironía que humilla y expone a las continuas burlas de los que visitan el lugar». El cambio lo aprobó el Consejo de Ministros el 16 de marzo del mismo año.
Entre una parte de la población siguió vivo el recuerdo del nombre original, y a lo largo del tiempo varios colectivos y personalidades han planteado recuperarlo.
Según varios autores, el caserío inicial se estableció hacia finales del siglo XVIII y creció con el tráfico marítimo de su puerto, declarado habilitado para la exportación en 1713. En 1812, las Cortes de Cádiz crearon nuevos municipios, uno por cada parroquia de Fuerteventura, y Puerto de Cabras dependía entonces de Tetir.