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En la antigüedad tenía el sobrenombre de Quintanilla Siete Iglesias, porque había siete ermitas e iglesias, de las que hoy solo quedan la parroquia de Santa María y los restos de la de San Andrés. Según los archivos parroquiales, el primer nombre del pueblo era simplemente Quintanilla, y es posible que también Siete Quintanas, y después sería «Quintanilla de Sancho García», por el conde que repobló la zona. Con la evolución de las lenguas romances pasó a Quintanilla Sanc García, Quintanilla de Sant García, hasta el actual Quintanilla San García, mencionado en documentos del siglo XIV. No hay una explicación aceptada.
Cerca del pueblo, dentro del municipio, hay un tramo de calzada romana que unía las antiguas localidades autrigonas de Virovesca (Briviesca) y Segisamunculum (Cerezo de Río Tirón) y que formaba parte de la calzada de Tarraco (Tarragona) a Asturica Augusta (Astorga). También es posible que existiera una zona poblada en época romana en una de las vaguadas, por los pequeños restos hallados en algunas ocasiones: monedas, objetos metálicos y cerámica.