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La primera parte del nombre viene claramente del árabe rahal, «masía» o «casa» (en valenciano, rafal). La segunda probablemente deriva del latín balneu o balneolu, «baño», aunque también podría venir del bajo latín boneolu, «bonito». Otra interpretación define el territorio como «el secano de la viña», con rahal como «explotación rústica de secano» y bunyul como «viña», porque se cree que entonces la zona podría no beneficiarse del riego de la acequia de Moncada. Pierre Guichard habla de una propiedad rural de extensión variable, a veces con murallas, que en otros territorios se llama muny'a o day'a, y Joan Coromines y María Jesús Rubiera definen rahal como «lugar donde se hace una parada en el camino», «campamento», «majada» o «establo». El origen sigue siendo indeterminado. En español se escribe Rafelbuñol.
El primer núcleo de población del que se tienen noticias es un poblado de la Edad del Bronce en Els Germanells, descubierto en 1953 y perteneciente a la cultura del Bronce valenciano, con una cronología en torno al año 1800 a. C.