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Rafelcofer es un topónimo de origen árabe que refleja su formación como alquería en época andalusí. El primer elemento, Rafel-, procede del árabe rahal, que designa una explotación agrícola o un asentamiento rural y es muy frecuente en la toponimia valenciana. El origen de la segunda parte, -cofer, es menos claro y podría estar vinculado a un nombre propio o a un término descriptivo hoy desaparecido. El nombre aparece documentado por primera vez en 1284, como Rahalcofen, y en 1368 como Rafalcofer, en la carta puebla que el señor de Rebollet concedió a los árabes que vivían allí. Entre los siglos XIV y XVII tuvo variantes de grafía, como Rafelcoçer, Rafelcoher o Refalcofer, y desde el XVIII se fija la forma actual.
El territorio presenta evidencias de ocupación desde la Antigüedad, y destaca el asentamiento ibérico de el Rabat, uno de los principales yacimientos de la comarca de la Safor por la cantidad de restos y por su continuidad histórica. De la época de la romanización se han encontrado piedras con inscripción latina y fragmentos de cerámica recogidos de forma esporádica en las faldas del monte Rabat y en la ermita de San Miguel. El poblado vecino de l'Alcudiola figura siempre en la documentación como alquería independiente, hasta que se anexionó a Rafelcofer tras la expulsión de los moriscos. Está en la comarca de la Safor.