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El origen del nombre de Rute es incierto y está sujeto a varias teorías. Según un historiador especialista en al-Ándalus, podría derivar del nombre de una villa romana o de un pequeño asentamiento judío que pudo existir aquí en época visigoda, ya que Rut es un antropónimo de raíz hebrea que puede significar «belleza». No se sabe si hubo aquí una aljama judía tras la invasión islámica del año 711. En todo caso, el nombre empleado durante la dominación musulmana parece haber sido Rut.
Tras la conquista cristiana, definitiva desde 1433, se impone el nombre de Rute, que hasta mediados del siglo XVI se refería al asentamiento defensivo del llamado hoy Rute el Viejo. Durante el siglo XVI la población se trasladó al actual núcleo, que durante algunas décadas se llamó Villanueva de Rute para evitar confusiones con el lugar que se abandonaba. Cuando Rute el Viejo se abandonó del todo, a finales de ese siglo, el actual núcleo se conoció simplemente como Rute.