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La villa debe su nombre a haber sido el lugar donde se sepultaron, hacia el año 304, los restos de los santos Facundo y Primitivo, a los que la piedad cristiana llamó Domnos Sanctos, «Señores Santos». Eran dos hermanos delatados como cristianos en tiempo de la persecución romana, que fueron martirizados y decapitados y cuyos restos se arrojaron al río Cea. El lugar se convirtió en destino frecuente de los cristianos, por la fama de milagros que tenía, y sobre su sepultura se levantó un templo bajo su advocación. En las fuentes aparece como «Sanctus Facundus», «Sanct Fagunt» y «Sant Fagun», que derivaría en «Safagun»: la f perdió su sonoridad hasta convertirse en una h aspirada que con el tiempo enmudeció, y de ahí el nombre actual.
Antes de su fundación medieval, en el entorno de Sahagún se situaría la mansio romana de Camala, en la Via I, que enlazaba Legio con Italia. El origen de la villa se dio a la sombra de un monasterio dedicado a los santos Facundo y Primitivo. Una leyenda tardía los hace hijos de san Marcelo de León y de santa Nonia, y hermanos de otros diez santos mártires; eran legionarios romanos convertidos al cristianismo, perseguidos, martirizados y arrojados al Cea. Los cristianos recogieron sus cuerpos y levantaron un primitivo santuario, el de Domnos Sanctos, consagrado a ambos, antes del siglo IX.