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El nombre de San Bartolomé viene del santo homónimo, al que se dedicó una pequeña ermita construida a finales del siglo XVI en esta zona central de Lanzarote; el nombre se popularizó para designar el caserío a partir de mediados del siglo XVII. El nombre anterior del pueblo era Ajey, recogido en documentos del siglo XVI como lugar y en el XVII como aldea; en un documento del escribano Juan de Higueras, de 14 de febrero de 1619, se menciona la tierra «donde dicen Ajey». El ingeniero italiano Leonardo Torriani, que visitó Lanzarote en 1591, cita el pueblo casi en la misma zona como Teguei y no Ajei, que puede ser una variante del mismo nombre. En mapas y documentos antiguos aparecen también Eque, Togo y Toga para un caserío en la misma zona.
La posición original de la aldea parece que estaba más cerca de la Montaña Mina y se desplazó durante los siglos XVIII y XIX hacia el oeste, hasta la posición actual. La causa fueron las enormes tormentas de jable, fruto de la eliminación de la vegetación que sujetaba esas arenas de origen orgánico; la vegetación se usó como combustible para producir barrilla, planta que tuvo un gran auge de plantación y exportación a finales del XVIII y principios del XIX y que servía para elaborar jabones. Su historia se remonta a la época anterior a la conquista normanda de la isla: en la Montaña Mina han aparecido restos humanos de los majos, y hay cerámica aborigen y canales y cazoletas excavadas en las montañas Mina, Guatisea y Montaña Blanca.