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El nombre de San Miguel de Abona se compone de San Miguel, que procede de la advocación de la primitiva ermita construida en el siglo XVII y dedicada al arcángel, en el casco fundacional del núcleo, y del término Abona, de procedencia guanche, que según algunos investigadores significa «grandes piedras» y, por extensión, «canteras». Este término alude al antiguo reino o menceyato guanche en cuyo territorio se funda la localidad.
La zona está poblada desde época guanche, como demuestran los numerosos yacimientos arqueológicos encontrados, y perteneció al reino o menceyato de Abona. El lugar ocupado por el casco urbano moderno constituía uno de los principales lugares de asentamiento del menceyato.
Después de la conquista de la isla, en 1496, por Alonso Fernández de Lugo, el territorio de San Miguel se pobló con colonos, conquistadores y guanches. Desde sus orígenes, San Miguel fue un pago del lugar de Vilaflor de Chasna, bajo su jurisdicción civil, judicial y eclesiástica.