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El nombre de San Pedro del Pinatar tiene dos partes. El Pinatar es el nombre más antiguo del lugar, una extensa masa forestal donde abundaban los pinos y donde se cazaban jabalíes en invierno, hecho recogido en el Libro de la Montería de Alfonso XI. «San Pedro» se añadió tras la construcción por los franciscanos, en el siglo XVII, de una ermita dedicada al culto de san Pedro Apóstol, patrón de pescadores, que eran la mayoría de los habitantes. Entonces los lugareños empezaron a llamarlo «San Pedro del Pinatar».
Esta localidad recibió su nombre actual hacia el siglo XVII; antes se conocía como El Pinatar. El gentilicio se tomó del nombre inicial, por lo que sus habitantes se llaman «pinatarenses». No se constituyó como municipio hasta 1836.
Hay restos arqueológicos marinos que señalan el paso de comerciantes fenicios desde el año 2600 a. C., y se supone que fue una de las bases utilizadas para la conquista de Carthago Nova por Escipión el Africano en las guerras púnicas, hacia el 203 a. C.