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El municipio toma su nombre de su capital municipal, que integra la advocación de su primitiva ermita, fundada en honor de Santa María de Guía a finales del siglo XV. Durante la etapa aborigen, que terminó en 1483, el núcleo recibía el nombre de Aguía, correspondiente al poblamiento de la misma localización, aledaño al núcleo también aborigen de Agáldar, capital del Guanartemato; esa denominación se mantuvo hasta 1555, según los documentos de repartimientos de tierras y aguas. Tras la conquista castellana el núcleo histórico se llamó Villa de Guía, simplificado en Guía, hasta el siglo XIX, cuando empezó a predominar Guía de Gran Canaria, para diferenciarlo de otras poblaciones homónimas, como Guía en Tenerife. El 28 de diciembre de 1962 el alcalde de entonces, Rafael Velázquez García, propuso cambiar el nombre oficial por el de Santa María de Guía, incorporando el de la advocación del templo existente en el municipio desde el siglo XVI.
En las fuentes consultadas no hay más datos sobre la historia del nombre.