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El nombre de Santurtzi, en castellano Santurce, deriva del latín Sanctus Georgius, «San Jorge». Cuenta la tradición que la actual iglesia de San Jorge de Santurce fue originalmente un monasterio fundado por monjes de origen inglés que, huyendo de conflictos religiosos, recalaron en la costa vizcaína, en el valle de Somorrostro. En torno a ese monasterio surgiría el pueblo.
Hay localidades con nombre similar en otras zonas, como Santurde en Álava y Burgos, Santiurde en Cantabria o Santurde de Rioja y Santurdejo en La Rioja, donde se mantiene la d en lugar de la c.
La primera mención escrita del nombre es de 1075, en un documento en latín que menciona el Monasterium Sant Georgis. Durante la Edad Media se transcribió de formas muy diversas: San Jurdic (1249), Santurce (1333), San Yurdie, Sautuye y Santurtzi (1372), y en el siglo XV aparece como Sturse, Santurse y Santursi.
La forma castellana Santurce es la evolución castellana del euskera Santurtzi, y el nombre oficial es hoy Santurtzi.