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Tradicionalmente se ha creído que el nombre de Tudela procede de la palabra latina tutela, «protección», y que haría referencia a la divinidad romana del mismo nombre, Tutela. Se discute si la mención a «Tutela» que aparece en uno de los epigramas del poeta latino Marcial se refiere realmente a Tudela.
En cualquier caso, la ciudad aparece citada por primera vez en el año 802, cuando Amrus ben Yusuf fortificó el altozano junto al Ebro. Los nombres con los que se registra en la documentación de los años 1119 a 1121 son Thudela, Totela, Tudela, Tudella, Tutela, Tutele, Tutella y Tutellam.
En euskera se llama Tutera, que es la adaptación a la pronunciación vasca del nombre latino: en labios románicos se sonoriza la t para llegar a Tudela, mientras que en euskera se produce el cambio de l a r, pero sin sonorizar la t. Su uso fue común en toda la Navarra de habla vasca, como atestiguan nombres menores como Tuterakamio, en Esquíroz, o Tuterenea, en Leitza. Otras Tudelas de España, como Tudela de Duero y Tudela de Segre, y el municipio riojano de Tudelilla, suelen relacionarse con la Tudela navarra.