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En época romana la localidad se llamó Comeniaca y Castrum Covianca. En la Alta Edad Media aparece como Cives Quoianka y como Coyanza o Coyança, forma que figura en el escudo actual y que da el gentilicio «coyantino», y que se mantuvo hasta el siglo XIII. Entonces se cambió, según se dice porque resultaba malsonante, por Valencia, primero Valencia de León o Valencia de Campos y por fin Valencia de Don Juan, en honor del infante Juan de Portugal, hijo del rey Pedro I de Portugal y de Inés de Castro, primer duque de la villa.
Los orígenes de la localidad están en un asentamiento situado donde hoy se encuentran las ruinas del castillo, el jardín de los patos y el colegio, los patios y la huerta de los Padres Agustinos. Ese solar ha estado ocupado hasta hoy durante unos 3250 años: las excavaciones arqueológicas de 1987-88 en el acceso al castillo medieval mostraron que el lugar estaba habitado al menos desde la Edad del Bronce.