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Villava viene de Villa Nova, «villa nueva», nombre romance con el que el rey Sancho VI el Sabio fundó la villa en el siglo XII junto a la aldea de Atarrabia, y que evolucionó de Villanova a Villaova y Villava. Los vascohablantes lo adaptaron como Billeba o Billaba. Atarrabia, nombre vasco actual, es el de la aldea anterior. Se desconoce su significado, aunque parece claro que es vasco; algunos lingüistas lo han descompuesto en ate, «portillo» o «foz», Arre, nombre de una localidad vecina, e ibia, «el vado», lo que daría «el vado de la foz de Arre», pero no hay unanimidad. El Fuero General de Navarra, escrito a mediados del siglo XII, ya llama «Puente de Atarrabia» al puente de la Trinidad.
Sancho VI el Sabio fundó la villa en 1184 junto a la aldea de Atarrabia y le concedió los fueros del burgo nuevo de Pamplona. Villava sufrió las guerras napoleónicas y las carlistas y a mediados del siglo XIX inició su industrialización con la industria papelera, que atrajo después fábricas de madera, cartón y licores. El Camino de Santiago por la vía francesa ha marcado su historia: a unos 35 km de Roncesvalles, Villava y la Trinidad de Arre eran el segundo punto de descanso de los peregrinos antes de subir a Pamplona.