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El nombre de Zaidín procede del término árabe Saedin, que significaría «brazo de agua» o «tierra entre ríos». Otra interpretación posible lo derivaría del árabe zaydīn, «zaydíes», plural de zaydí. En Aragón hay diversos topónimos que incluyen el nombre propio Zayd, como Beceite, Calaceite, La Zaida, Binaced o Vinaceite, y existió además el distrito, o iqlim, de Zaydún al sur de la Marca Superior; todo ello sugiere la presencia de la minoría chií zaydí en los distritos al este de Saraqusta. En catalán el municipio es Saidí. Son hipótesis, y ninguna está establecida.
En enero de 1092 el infante Pedro, futuro Pedro I de Aragón, dio el castillo de «Zaidi» a Pedro Ramón de Eril. Fue de realengo entre 1168 y 1170, por presentar tenente, y en 1234 era de realengo. En 1278 lo tenía en feudo Ramón de Moncada, y el 7 de octubre de 1294 el rey Jaime II de Aragón lo cedió a Guillén de Moncada a cambio de otros bienes. En 1333 Juan, patriarca de Alejandría y administrador de la iglesia de Tarragona, legó el lugar al monasterio de Scala Dei, y el dominio directo al rey Alfonso IV, que aprobó la donación el 30 de mayo de 1334. Está en el Bajo Cinca, en la margen izquierda del río.