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El nombre Zizur designaba una de las cinco cendeas de la Cuenca de Pamplona. Se ha relacionado con la palabra vasca zintzur (o txintxur), que significa garganta o paso angosto entre montañas, una posible referencia a su situación entre la sierra del Perdón y el monte Ezkaba; Juan Ignacio Iztueta pensaba que zintzur significaba también altura pequeña. Como dos localidades llevan el nombre, el topónimo pudo nacer en ellas y extenderse a la cendea. Zizur Mayor era la población principal, de ahí el «Mayor» frente a Cizur Menor, la localidad menor situada a su lado. La primera mención escrita, de 1087, recoge la forma Ciçur. Entre 1850 y 1920 el municipio figuró oficialmente como Zizur, luego como Cizur, y al hacerse municipio independiente en 1992 adoptó Zizur Mayor en castellano y Zizur Nagusia en euskera.
La localidad aparece documentada por primera vez en 1087, con la grafía Ciçur. Se desconoce si hubo un núcleo de población vascón antes de la llegada de los romanos, aunque es bastante probable a la vista de los hallazgos. Durante siglos fue el principal pueblo de la cendea de Cizur. En noviembre de 1992 la comisión gestora del Ayuntamiento acordó declararse municipio independiente, en virtud del Decreto Foral 276/1992 de 2 de septiembre.