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Koldo Mitxelena escribió en Apellidos vascos que el topónimo y apellido podría estar relacionado con la palabra vasca abariz (hoy abaritz), nombre de un arbusto que en castellano se llama coscoja o carrasco. Esta palabra iría unida al sufijo -keta, que indica abundancia, y Abarizketa sería «plantación de coscojas» o «lugar con abundante coscoja». El paso de un hipotético abarizketa original al actual abaltzisketa se explicaría porque, al formar una palabra por composición, es habitual en euskera que una r final se transforme en l, como en euskara y euskaldun, y el paso de abalizketa a abalcizqueta podría deberse a una metátesis. La Wikipedia en euskera precisa que Mitxelena lo dice sin certeza y que la parte inicial no está clara.
Hasta mediados del siglo XIX el nombre se escribió Abalcizqueta y luego pasó a escribirse Abalcisqueta, que es el nombre formal en castellano. Abaltzisketa, el nombre vasco, es una adaptación a la pronunciación actual y a la ortografía moderna del euskera; en 1983 el municipio cambió oficialmente su denominación de Abalcisqueta a Abaltzisketa. A sus vecinos se les apoda en euskera txalburuak («renacuajos»).
En 1379 sus vecinos pasaron a depender de la villa de Tolosa, como forma de sustraerse a la influencia de los señores banderizos y de beneficiarse de los fueros de la villa. En 1615, pasado el tiempo de las guerras banderizas, obtuvo el título de villa y recuperó la autonomía; después participó en varias uniones de villas para costear representantes en las Juntas Generales de Guipúzcoa, como la Unión de Bozue Mayor.