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El nombre de Aguilar de Campoo combina dos elementos. Campoo procede del latín Campodium y es el nombre del territorio que ocupan varios municipios de la actual Cantabria. Aguilar no está en ese valle, pero lo lleva en su nombre porque en la Edad Media la Merindad de Aguilar de Campoo incluía las hermandades del valle cántabro de Campoo, que más tarde se separaron y formaron la Merindad menor de Campoo.
Para Aguilar se han propuesto dos explicaciones: que haga referencia a una antigua colonia de águilas presente en la zona, o a la configuración rocosa y agreste del monte en el que se alza su castillo defensivo.
El lugar estuvo poblado por cántabros, romanos y visigodos. Fue baluarte durante la dominación árabe, de la que solo quedan los nombres de algunos pueblos de su entorno, como Cordovilla y Zalima, y fue una villa de gran importancia en la Edad Media.
El 14 de mayo de 1255, estando en Aguilar el rey Alfonso X el Sabio, la declaró villa realenga y señaló sus términos. La villa conservó este privilegio hasta 1332.