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Desde su independencia municipal y hasta 1916 la única denominación oficial fue Aguas, nombre que procede de los acuíferos que dieron origen a la localidad. Desde entonces se añadió el sufijo de Busot para distinguirla de otra localidad homónima, hoy absorbida por el municipio oscense de Loporzano. Busot es una localidad cercana y de mayor población, pero como Aguas nunca tuvo pertenencia administrativa a Busot, algunos consideraban incorrecto el sufijo, y en 1986 la corporación municipal lo eliminó del nombre oficial y lo pasó al valenciano. Hoy conviven las formas tradicionales Aguas de Busot, en castellano, y Aigües de Busot, en valenciano, con Aguas y la actualmente oficial Aigües.
Incorporado a la Corona de Castilla con la conquista cristiana, en 1296 pasó a formar parte del reino de Valencia. Fue zona fronteriza, porque según el tratado de Almizra la frontera entre Aragón y Castilla pasaba por el barranco de Aguas de Busot, o barranco del Paisano, que baja desde la vertiente oriental del Cabezón de Oro hasta el norte del término de El Campello. Por eso se erigió en la localidad un importante castillo, del que hoy solo queda una torre. Está en la comarca del Campo de Alicante.