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El nombre actual de Alcalá de Henares procede del árabe al-qal'a Nahar, «el castillo» o «fortaleza sobre el Henares». Cuando los musulmanes tomaron la ciudad visigoda, trasladaron el núcleo urbano a los cerros de la margen izquierda del río Henares, y junto a él construyeron un recinto amurallado, del que se conservan ruinas muy degradadas. El nombre fue evolucionando de al-qal'a a la actual Alcalá, y el apelativo «de Henares» viene del río que baña la ciudad.
El nombre de la ciudad romana anterior, Complutum, tiene una etimología desconocida. Una hipótesis lo explica como «confluencia de aguas» (del latín confluvium) y otra como «campos ricos» (del griego Kompos Ploutos). En el Bierzo existe una localidad llamada Compludo, cuya etimología parece ser la misma. De la ciudad prerromana se desconoce la denominación, aunque la leyenda habla de una Iplacea ibérica.
La ciudad tuvo tres emplazamientos sucesivos. Los orígenes se remontan a la prehistoria, en los cerros del Viso y de Zulema. Los romanos prefirieron un terreno llano y fundaron Complutum, y los musulmanes construyeron en los cerros un enclave defensivo al que llamaron Al-Qalat-Nahar, «el castillo del Henares».
Ese recinto, al ir despoblándose, pasó a conocerse como Alcalá la Vieja, y la población se restableció en la orilla norte, donde había estado la ciudad visigoda.