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Según las Relaciones topográficas de Felipe II, el nombre de la localidad viene del lugar sobre el que está asentada, que los árabes llamaban alcarra, y que significaba «cosa de Dios» o «de oración». Otros estudiosos han relacionado el nombre con la palabra alcalá, que en árabe significa «castillo», de modo que significaría «castillo del río Júcar». La segunda explicación es la más habitual, pero ninguna está demostrada.
En 1211 una expedición relámpago de Alfonso VIII arrebató a los musulmanes, para la Corona de Castilla, las plazas fuertes de Garadén, Jorquera y Alcalá, y su dominación efectiva quedó garantizada dos años después, cuando la victoria sobre los almohades en Las Navas de Tolosa, en 1212, y la conquista de Alcaraz, en 1213, rompieron toda la defensa árabe y dejaron libres para la repoblación todas las tierras de La Mancha y de la actual provincia de Albacete. Tras la conquista definitiva se asentaron colonos procedentes de Alarcón.