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Los registros medievales son Archonata en 1244 y Arconada, del cuarto de Rialmar, en 1407 y 1413. Sobre el topónimo burgalés Arconada, citado sin variantes en 1011, Martínez Díez indica que deriva de arcón, diminutivo de arca, con el significado de mojón que divide las tierras, de modo que arconada equivaldría a divisoria o límite. Julio González llega a la misma conclusión. Arconada y Alconada serían entonces un adjetivo con valor de nombre que calificaría un término que se ha omitido, como «tierra arconada» o «linde arconada», es decir, tierra marcada por arcones o mojoneras. El cambio de Arconada a Alconada habría sido favorecido por una etimología popular basada en halcón, y en 1826 Miñano ya lo cita como Alconada.
El pueblo se remonta a la repoblación de los reyes de León en la Edad Media y quedó en la jurisdicción de Alba de Tormes, dentro del reino de León, con el nombre de Arconada. Con la creación de las provincias actuales en 1833 pasó a la provincia de Salamanca, en el partido de Peñaranda de Bracamonte.