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En las fuentes consultadas no hay una explicación del significado del nombre. El nombre tradicional en castellano era Alegría; por la existencia de otras localidades homónimas en España, como Alegría de Álava, a principios del siglo XX se le añadió el apelativo de Oria, el río que atraviesa la localidad, para distinguirla. El nombre tradicional en euskera es Alegia o Alegi. Por su parecido parece claro que ambos nombres están relacionados y que uno deriva del otro, pero los expertos discrepan sobre si el vasco deriva del castellano o al revés.
Hasta la reforma de la nomenclatura municipal de 1916 el municipio se llamaba simplemente Alegría, y en esa fecha pasó a ser Alegría de Oria. Desde 1989 el nombre oficial es Alegia. A sus vecinos se les da el apodo de txintxarris, porque antiguamente era típica de la localidad la fabricación de cencerros (txintxarri en euskera); esa artesanía se perdió hace tiempo, pero el mote se ha conservado.