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El nombre de Algeciras procede del árabe al-Ŷazīra al-Jaḍrā', que significa «la isla verde». Es la forma árabe con la que se conoció la ciudad tras la conquista musulmana, y de ahí pasó al castellano. Alude a la isla que hay frente a su costa, en la bahía.
Antes del nombre árabe, la ciudad fundada en el siglo I a. C. al sur del río de la Miel, en la actual Villa Vieja, se llamó Iulia Traducta, «Julia la transportada». Según Estrabón, el nombre, que en su forma púnica era Iulia Ioza, hacía referencia a que se pobló con disidentes del imperio romano procedentes de Tánger y de Zilis, «transportados» a la península como castigo.
El historiador romano Pomponio Mela, natural de la ciudad, la llama Tingentera, que se ha interpretado como Tingis altera, «la otra Tánger». Con la forma reducida Traducta se la nombra aún en el siglo V y en el siglo VII, y no se sabe si el nombre perduró hasta la conquista árabe, porque la Crónica Mozárabe de 754 llama a la ciudad Messulam civitatem.