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El topónimo Almagro deriva del árabe al-magra, «la arcilla roja», en alusión a la arcilla rojiza característica de la zona, de color almagre, que está presente en el colorido de la plaza Mayor y de otros edificios. Según la tradición, el origen del nombre y de la ciudad sería un castillo árabe llamado al-magrib, «el oeste», levantado en uno de los ramales del camino de Toledo a Córdoba, presumiblemente en el solar de los actuales palacios maestrales; es una explicación tradicional no contrastada.
No se conoce con seguridad la fecha del primer asentamiento humano. Es muy posible que existiera uno en la Edad del Bronce, por los indicios hallados alrededor de las Casas Maestrales y en parajes exteriores. En época romana parece que estuvo habitada, según el testimonio de Federico Galiano, que creyó ver un acueducto durante las obras en el Paseo de la Estación, y se han hallado monedas de esa época y una lápida romana procedente del puente romano de Zuqueca, en Granátula.