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Se ha propuesto un origen vasco. Vicente García de Diego explicaba el topónimo soriano Maya, a través del vasco, como «mesa, rellano en una altura», de modo que Almaluez sería una forma híbrida que aludiría a «la meseta pequeña». Tal vez sea un compuesto del artículo árabe al y de la voz mala, «salina», en forma diminutiva: «las salinas pequeñas». Son hipótesis, sin una explicación aceptada.
En época celtíbera la localidad estaba junto al cerro Monóbar, a un kilómetro de la ubicación actual hacia Santa María de Huerta. Blas de Taracena excavó el yacimiento en 1933 y 1934: halló muros celtibéricos bajo un estrato medieval, al parecer árabe, de tiempos del califato, una vivienda con varias tinajas y, al suroeste del cerro, una necrópolis de incineración de 322 tumbas, usada a finales del siglo IV y durante la primera mitad del III a. C. Los hallazgos se conservan en el Museo Arqueológico Nacional y en el Museo Numantino.