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Altzaga significa «lugar del aliso»: el topónimo proviene de la palabra haltz(a), «aliso» en euskera, y del sufijo -aga, que indica lugar. En el escudo de la villa aparece ese árbol.
Antiguamente el nombre se escribía Alçaga, con cedilla; al desaparecer esa letra del alfabeto castellano, el topónimo se transformó en Alzaga hace varios siglos, y esa fue la forma tradicional en castellano y el nombre oficial del municipio hasta 1966, cuando fue anexionado por el vecino Isasondo. En euskera se mantuvo la antigua pronunciación, que según las normas ortográficas modernas se escribe Altzaga. En 1992, cuando recuperó su independencia tras más de veinticinco años unido a Isasondo, adoptó la forma vasca, que desde entonces es la denominación oficial.
Aparece mencionado por primera vez en un documento de 1399, aunque la población debe de ser más antigua. La tradición cuenta que el núcleo original estaba en el barrio de Alzagarate, en torno a la ermita de Andra Mari de Alzagarate, que habría sido la iglesia parroquial original; el casco urbano actual se llama también Camino Alzaga (Altzaga Bidea), lo que refuerza esa creencia. Ya en 1399 dependía de la villa de Villafranca de Oria, actual Ordizia.