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Amurrio está documentado con esa forma desde el siglo XI, sin otras variantes conocidas, y lo han usado tanto el euskera como el castellano. Su origen y significado son desconocidos. Se han propuesto explicaciones descriptivas en euskera, como amu urri ('moras escasas') o (h)ar murru ('muro o sierra de piedra'), pero parecen bastante forzadas.
La mayoría de los filólogos que han estudiado el nombre lo consideran un antropónimo. Koldo Mitxelena pensaba que derivaría de un primitivo Amurriano, que habría pasado a Amurrio por cambio del sufijo -iano en -io. Un caso paralelo sería Ochandiano, hoy Otxandio, por la pérdida de la n intervocálica, habitual en la toponimia vasca. El problema de la hipótesis es que Amurriano no está documentado y que la forma Amurrio es muy antigua, de modo que el cambio habría sido muy temprano. Sobre un posible nombre personal Amurri, se cita una población del siglo IX llamada Amurrihuri en los montes Obarenes (Burgos), en una zona repoblada por vascos, donde -(h)uri equivale al castellano 'villa'.
Amurrio se sitúa en la cuadrilla de Ayala y formó parte de la antigua Tierra de Ayala, con la excepción de Arrastaria. Esa región, que incluía también Ayala, Okondo y parte de Artziniega, estaba diferenciada administrativamente de Álava y de Bizkaia y se mantuvo así hasta 1842, cuando quedó integrada del todo en la provincia de Álava. En las fuentes consultadas no hay más datos sobre su historia.