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Según la hipótesis de Julio Caro Baroja, los topónimos vasco-navarros terminados en -ana designan antiguas villas romanas de carácter urbano. El patrón sería el nombre propio del propietario original seguido del sufijo -anus, de posesión, en acusativo femenino -ana. Añana es uno de los topónimos que cita como parte de ese grupo, y propuso que escondía un nombre latino muy conocido, Annius (Annio), de modo que el topónimo original habría sido Anniana.
La población aparece por escrito por primera vez en un documento de 978 como Annana y poco después, en 984, como Agnana. Ya entonces parece asentada la explotación de las salinas, que le dio el apelativo de Salinas de Añana. En el censo de 1842 el municipio figura como Añana a secas, pero desde el de 1857 hasta 1997 se llamó oficialmente Salinas de Añana. En 1997 se recuperó Añana, solo para el municipio, que incluye también Atiega, ya que el núcleo principal sigue llamándose Salinas de Añana (Gesaltza Añana en euskera, nombre hoy cooficial).
El señorío de Salinas de Añana, al que Alfonso VII de León había concedido su primer fuero en 1140, fue conocido en siglos pasados como el Infantado de Salinas, porque formó parte del patrimonio de algunas infantas y otras damas de la realeza, como la reina Leonor de Castilla, hija de Fernando IV y hermana de Alfonso XI. El 12 de abril de 1375 Enrique II de Castilla lo cedió por juro de heredad a Leonor Enríquez de Castilla, hija de su hermano Fadrique Alfonso de Castilla, maestre de la Orden de Santiago, y nieta de Alfonso XI.