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El nombre de Andújar procede del prerromano Andura, de posible origen íbero o celta, cuyo significado sería «abundancia de agua», del prefijo and-, «abundancia», y la raíz uhar, «agua». Esa etimología reflejaría la riqueza hídrica de la zona, bañada por los ríos Guadalquivir, Jándula y Yeguas, entre otros cursos de agua.
Hay evidencias arqueológicas de un asentamiento estable de la Edad del Bronce en el altozano de Santiago, donde probablemente se acuñó el primitivo nombre de Andura. Durante la dominación romana, el nombre persistió a pesar de la intensa romanización, como atestigua el gentilicio andurensis hallado en una inscripción romana de la comarca.
Con la llegada de los árabes, Andura se transformó en Andūšar, nombre documentado como núcleo urbano. Finalmente, tras la conquista de la villa por Fernando III en 1225, el nombre evolucionó hasta el actual Andújar, con un proceso en el que la šīn árabe pasó a representarse primero como x y luego como la j actual del castellano.
A los habitantes de Andújar se les conoce como «iliturgitanos» al menos desde el siglo XVI, a pesar de que los estudios arqueológicos han mostrado que la actual Andújar no se ubica en el asentamiento de la primitiva Iliturgi.