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El nombre Jaén procede del árabe Jayyān, cuyo significado exacto no está completamente claro. Algunas interpretaciones lo relacionan con un antiguo nombre latino o con una evolución de una denominación anterior.
El territorio de Jaén estuvo habitado desde la Prehistoria y fue una zona importante para los pueblos íberos, especialmente por su riqueza agrícola y minera. Posteriormente fue romanizado y formó parte de la provincia romana Bética.
Durante la época islámica, la ciudad recibió el nombre de Jayyān y se convirtió en un importante centro agrícola y militar de al-Ándalus. Formó parte de diferentes divisiones administrativas musulmanas y tuvo relevancia estratégica por su posición entre Andalucía oriental y Castilla.
La conquista cristiana tuvo lugar en el siglo XIII, especialmente tras la incorporación definitiva del territorio por Fernando III. El nombre árabe fue adaptado al castellano como Jaén.
Durante la Edad Moderna tuvo importancia como ciudad fronteriza y administrativa. En 1833, Jaén fue designada capital de una provincia andaluza, conservando un topónimo de origen medieval islámico.