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El significado del nombre de Jaén se explica, según una hipótesis, a partir del nombre latino Gaiena, «la villa de Gaius»: un nombre de persona latino al que se añadió un sufijo -en. Esa forma, Gaien, fue interpretada por los musulmanes como Ŷayyān, el nombre que se usó durante la época musulmana.
Existe también una versión, defendida por algunas familias sefardíes del norte de África, según la cual tanto su apellido como la ciudad de donde provienen, Jaén, tendrían su origen en la palabra hebrea dayan, que significa «juez», y que habría derivado en Yayyan o Djayyan.
La ciudad ha tenido varios nombres a lo largo del tiempo. En época de Tito Livio se llamaba Oringis o Auringis, la misma localidad que Polibio había llamado Alingis o Elinga. Un decreto de Vespasiano, en el siglo I, la declaró Municipio Flavio Aurgitano, y de ahí procede el gentilicio arcaico «aurgitano». En el concilio de Ilíberis, en el siglo IV, se la menciona como Advinge.
En época musulmana fue la capital de la cora de Yayyan, y la ciudad se conocía como Ḥāḍira, que significa «capital» en árabe. Los documentos romances y latinos del Códice Gótico de la catedral y del archivo histórico municipal la mencionan con el nombre de Jahén desde 1403 hasta 1563, año en que pasó a llamarse Jaén.