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El nombre de Linares se registra por primera vez en septiembre de 1155, durante el reinado de Alfonso VII. Existen varias versiones sobre su procedencia, pero todas coinciden en un origen romance.
Algunos autores sostienen que podría venir de la posible existencia de un templo o altar romano cercano en honor de la Luna, Luni arae, de manera que, tras la invasión musulmana, el nombre preexistente se habría adaptado a su fonética y habría dado algo parecido a Linarum. Con mayor certeza, la ciudad actual parece deber su nombre a la expresión romance procedente del latín linum, «lino», que los mozárabes usaron como linar para designar los lugares relacionados con el lino, y cuyo plural dio Linares. Este origen explicaría además otras poblaciones españolas con el mismo nombre.
La actual Linares se localiza cerca de la antigua Cástulo, de la que se considera sucesora, y por eso a veces se usa para sus habitantes el gentilicio «castulonense», aunque el más frecuente es «linarense».