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Siguiendo las teorías de Francisco Villar Liébana, podría ser que el nombre viniera de la palabra latina angustus, «estrecho» o «hocín», y no de la vasca anguia. Esta tesis es la mayormente aceptada en la actualidad. También se ha considerado que Anguita pudiera proceder de anguia, «pastos», «pastizal» o «dehesa», y que la conservación de la g velar ante la i indicaría una presencia vascona anterior a la presencia celta en esta parte del sistema Ibérico, pero son meras conjeturas.
Con la Reconquista el lugar se encuadró en el Común de Villa y Tierra de Medinaceli, con cuyos fueros se rigió. Se dice que fue lugar de paso del Cid en su viaje a Valencia, y que pernoctó una noche, por lo que el pueblo, con la denominación de Cuevas de Anguita, aparece en el Cantar de Mío Cid, una tradición que no está documentada. Se produjo la excomunión del lugar, junto con las demás aldeas de Medinaceli, por no colaborar en la construcción de la catedral de Sigüenza, en el siglo XII, y el conflicto se solucionó mediante una bula papal del séptimo año del pontificado de Celestino III.