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Antzuola se considera un topónimo de origen vasco, compuesto de antzu, «estéril», y ola, un término muy común en la toponimia vasca con varios significados posibles: una edificación, generalmente una ferrería (burdinola), o una construcción sencilla como una cabaña o chabola (etxola, txabola). Antzu se aplica al ganado que no puede criar ni dar leche, y era costumbre de los pastores vascos estabular aparte las ovejas estériles (ardi antzuak), por lo que el nombre podría referirse a una chabola dedicada a ese fin. Existe también antxu, muy parecido, que designa a los corderos y cabras de un año; Koldo Mitxelena, en Apellidos vascos, tradujo el topónimo como «choza de borregos». La Wikipedia en euskera recuerda que alguien lo ha ligado a aintzira, «laguna», pero Mitxelena prefirió antxu, y lo presenta siempre como hipótesis.
La forma conservada más antigua es Antzuela (Ançuela, del siglo XIV). El nombre no es el más antiguo del municipio: antiguamente se llamaba Uzarraga, que hoy es un barrio de Antzuola, donde estaba el núcleo primitivo y su primera iglesia, la de San Juan Bautista de Uzarraga. Con el nombre de San Juan de Uzarraga o Usarraga se unió a Vergara a finales del siglo XIV. En castellano se escribe Anzuola.