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Existen diversas teorías sobre el origen del nombre de Aranjuez. Según Antonio de Nebrija, se debería al árabe Arankej o Ibn Arankej, que significaría «lugar poblado de nogales». El padre Sarmiento sugirió el topónimo latino Ara Iovis, «altar de Júpiter», relacionado con un posible templo dedicado a Júpiter Pluvio.
Interpretaciones posteriores han supuesto que el origen podría ser vasco. Rafael Lapesa recoge la suposición de que procede de arantza, «espino», posiblemente combinada con otz, «frío». Otras teorías, como la de Jiménez de Gregorio, señalan que podría proceder del íbero aran, «valle», y huets, «otero», de modo que Aranjuez significaría «valle de los oteros», una interpretación que encaja con el paisaje, porque se ubica en un gran valle rodeado de cerros.
Durante la Edad Media, el nombre aparece en los textos como Arauz o Aranz (siglo XII), Aranzuel o Aranzul (siglo XIII), Aranzueque, Aranzugue, Aranzuet o Arançuex, hasta que finalmente se llamó Aranjuez, ya en el siglo XV. La aldea de Almuzúndica, mencionada en el siglo XI, es posible que estuviera en los alrededores de la actual Aranjuez.
De Aranz procede el gentilicio «arancetano», creado a finales del siglo XX por el cronista oficial Ángel Ortiz Córdoba. El primer gentilicio oficial fue «ribereño», en referencia a los ríos Tajo y Jarama, porque hasta 1750 estaba oficialmente prohibida la población en Aranjuez.