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Gonzalo Martínez Díez, a propósito de un pueblo burgalés con el mismo nombre, indica que Arconada se deriva de arcón, diminutivo de arca, con el significado de mojón que divide las tierras, de modo que equivaldría a «divisoria» o «límite». Estudios sobre topónimos parecidos llegan a la misma conclusión, y el nombre es frecuente en el ámbito castellano. Arconada sería entonces una «tierra arconada», es decir, marcada por arcones o mojoneras.
Algunas opiniones de etimología popular consideran que el topónimo es una variación de Alconada, zona de halcones, deformada con el uso. Algunos vecinos aventuraban también que podría deberse a algún arco que hubiera en el municipio, pero no hay pruebas.
Se sabe que el municipio ya estaba habitado en la época del Imperio romano, como atestiguan la fuente y las pilas romanas que se conservan y los numerosos restos de antiguos útiles romanos que era frecuente encontrar en las tierras de labranza. Está situado en una variante del Camino Francés del Camino de Santiago, por lo que durante mucho tiempo ha sido lugar de paso para los peregrinos que seguían la antigua calzada romana Vía Aquitania.