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Se interpreta como 'la parte baja de la peña'. El nombre es vasco y se compone de atx ('peña'), de barren, que en toponimia significa 'inferior', y de una -a final que es el artículo. La descripción encaja con el paisaje: el municipio se cierra al norte con peñas como Aratz, Imeleku, Allaitz o Umandia, a cuyos pies se ubican sus pueblos.
El topónimo está documentado desde el siglo XV, originalmente como Axparrena, y a partir de una época posterior al siglo XVI pasó a Asparrena por despalatalización. Ha aparecido también como Azparrena (siglo XVIII) y Asparrana (censo de 1857); la edición vasca de Wikipedia fija en 1860 el paso oficial de Asparrana a Asparrena. Euskaltzaindia indica que la -a final se debe considerar un artículo al declinar el nombre: Asparrenean, Asparreneko, Asparrenetik, Asparrenera. En castellano suele escribirse con tilde (Aspárrena), pero el nombre oficial no la lleva.
En las fuentes consultadas no hay datos sobre la historia del municipio.