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Según la hipótesis más aceptada, el nombre de Avilés procede probablemente del nombre de persona romano Abilius, con la terminación -ese en lugar de -us, porque en algunos escritos medievales la villa aparece como Abilles y Abilies. Ese sufijo latino está presente en otros lugares de Asturias, como Urbiés o Pendillés, que procede de Pendilius. La presencia romana la atestiguan los nombres de poblaciones cercanas, como Laviana, que procede de Flavius, o Llaranes, que deriva de Larius, y también algunos restos arqueológicos dispersos, como monedas halladas en la ría y una estela antropomórfica encontrada en Molleda.
Otra corriente sostiene que el nombre vendría de Ab Illas, que en castellano actual sería «hacia Illas» o «de camino a Illas». Esas palabras se habrían corrompido con el tiempo, al ir perdiéndose el latín y dar paso al romance asturiano, y habrían dado Abilles y después Avilés. Por eso, muchos estudiosos del asturiano consideran que la forma correcta del nombre en esa lengua sería Aviyés, documentada en la literatura asturiana anterior al siglo XIX.
Avilés no debía pasar, en época romana, de una pequeña villa en el centro del territorio de los astures. Los asentamientos humanos continuados en la zona pueden fijarse hace unos cien mil años, según las herramientas de piedra halladas en yacimientos cercanos a la antigua línea de costa.