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Las fuentes consultadas explican la historia del nombre, no su significado. Ayala aparece mencionado como tal por primera vez en el siglo X. Es la forma más habitual, aunque se ha escrito también Aialha (siglo XVI) y Aiala (siglo XV). La comarca fue atravesada desde antiguo por la frontera lingüística entre castellano y euskera, y en ella conviven topónimos de ambas lenguas. El euskera se dejó de hablar en la parte vascófona de la Tierra de Ayala en el siglo XIX, y no llegó oralmente la forma vasca tradicional. La conocemos por el cronista guipuzcoano Esteban de Garibay, que en el siglo XVI escribió que en lengua bascongada de la misma tierra se llamó Ayara y que por corrupción se decía en castellano Ayala.
Con ese testimonio, Euskaltzaindia fijó que el nombre vasco debía ser Aiara, actualización de Ayara a la ortografía moderna. Desde 1997 el nombre oficial es Ayala/Aiara.
El actual municipio comprende la mayor parte de la antigua Tierra de Ayala, que abarcaba también Amurrio (sin Arrastaria), Okondo y parte de Artziniega. Era una región distinta, administrativamente, de Álava y de Bizkaia, y podría considerarse una provincia de la Corona de Castilla. Ese sistema se mantuvo hasta 1842, cuando quedó integrada totalmente en la provincia de Álava.