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El nombre de Azuqueca procede del árabe al-zuqayqa, que significa «callejuela» o «travesía», lo que da a entender la situación de la aldea en el paso de la antigua calzada romana de Mérida a Zaragoza, del camino que unía Toledo con el noreste de la península ibérica y, más tarde, de la Cañada Real Galiana. La segunda parte, «de Henares», alude al río que baña la población.
El nombre también podría venir del árabe azouque, que significa «mercadillo», aunque no hay constancia de que Azuqueca haya tenido nunca una tradición comerciante. Otras teorías menos seguidas hablan de un diminutivo del árabe andalusí assuqayqa o suwayqa, que significaría «tallito», o de una relación con san Isidro Labrador, patrón tanto de Azuqueca de Henares como del barrio toledano de Azucaica.
El nombre de la localidad es de origen árabe, y refleja su posición en un lugar de paso, en el cruce de caminos importantes entre el valle del Henares y el resto de la península.