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El primer nombre documentado de Badajoz es el árabe Baṭalyūs, del siglo IX, que no tiene ningún sentido en esa lengua y es, por tanto, la adaptación de algún topónimo anterior que no ha llegado hasta nosotros. Desde ese nombre árabe, la evolución fonética hasta Badajoz es totalmente regular y sus formas intermedias están documentadas.
Como no hay documentación, el origen del posible nombre prerrománico se mueve en el terreno de las hipótesis. Una de ellas propone el sintagma latino vadum clausum, «vado cerrado», que es justo el resultado esperado de esa forma, y la ciudad se fundó junto a un vado del Guadiana. Esta forma aparece quizá en un documento gallego del año 932 como Badaliaucu, y recuerda al topónimo francés Badaillac. Fray Diego de Guadix propuso en 1593 un origen en el árabe balad al yawz, «tierra de nogales», pero esa hipótesis no se sostiene, porque el verdadero nombre árabe está bien documentado.
La ciudad fue fundada en el año 875 por Ibn Marwan, un militar musulmán, junto a un vado del río Guadiana. Según el catedrático Luis Berrocal-Rangel, Ibn Marwan aprovechó las murallas anteriores, acomodándolas para construir la alcazaba, e incluso respetó el nombre que ya tenía la zona: Badaliacu o Bataliu.
Los habitantes se llaman «pacenses», por una vinculación errónea con la antigua ciudad de Pax Iulia, que en realidad corresponde a la portuguesa Beja. Actualmente también se acepta el gentilicio «badajocense».