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Baños es un topónimo muy extendido por España, de probable origen medieval. Deriva del latín balneum, que en latín vulgar pasó a baneum y de ahí al castellano baño. Su uso como topónimo suele estar relacionado con un manantial al que se atribuían propiedades curativas, que habría dado origen a un lugar de población; sería equivalente a 'caldas', 'termas' o al árabe 'alhama'.
El nombre aparece desde al menos el siglo XIV en registros del Reino de Navarra, con las grafías Vaynnos y Baynos. Por pertenecer a ese reino hasta 1463 se llamó Baños de Navarra. El nombre Baños de Ebro, por estar a orillas del río, se extiende desde al menos el siglo XVIII. Mañueta, su nombre en euskera, es contemporáneo: aparece en formas similares en otros lugares del País Vasco como equivalente del romance Baños, pero no estaba ligado a esta población hasta que Euskaltzaindia lo eligió en 1978.
En el yacimiento del Monte San Quiles están los restos de un asentamiento de los berones, pueblo prerromano de origen celta que ocupó buena parte de La Rioja, la Rioja Alavesa y el condado de Treviño. También se han hallado restos romanos, concretamente tres lápidas de época tardorromana, de las que se conserva una con inscripciones y dibujos. Durante la Edad Media la población se llamó Baños de Navarra y era uno de los pasos más utilizados para cruzar el Ebro, primero en barca y después con un puente.