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Se cree que el nombre es de origen árabe, aunque a partir de otro anterior. Se especula con Beni-Hares, «hijo de liebres», aunque según Escolano el nombre es anterior y los árabes lo habrían llamado Bernirehes. La primera mención documental es de 1249, como Bigneres, y en 1261, en un pleito con Bocairente, ya aparece en su forma valenciana, Banyeres. Hasta la reforma de la nomenclatura municipal de 1916 el municipio se llamaba en castellano Bañeras, y en esa fecha pasó a Bañeres. De Mariola alude a la sierra de Mariola. Ninguna de estas hipótesis sobre el origen está demostrada.
En la zona hubo poblamientos prehistóricos, y los restos más antiguos son del epipaleolítico. En el Molí Roig hubo un poblado neolítico, y se hallaron vestigios eneolíticos en las cuevas del Llarg, dels Anells y del Partidor, entre otras. Los poblados del Cabeço dels Llorenços, del Bovar y de la Serrella son de la Edad del Bronce, y en el último se construyó un castillo en época medieval. Hay vestigios de poblados ibéricos y probablemente una villa romana entre la Font Santa y la Font Bona. La población histórica, igual que su castillo, es de origen musulmán. Está en el norte de la provincia, en la comarca de la Hoya de Alcoy.