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Koldo Mitxelena y Julio Caro Baroja opinaban que el nombre de Beasain, como el de otras localidades como Barásoain o Berástegui, está ligado al nombre vasco medieval Beraxa, muy documentado, de modo que Beasain sería un antropónimo. Mitxelena citaba un documento medieval en el que aparecía una persona de Berástegui llamada Beraxa y relacionaba el nombre con la palabra vasca beratz, «blando»; según esta hipótesis, beraxa o beratza significaría «el blando» o «el flojo», una especie de mote.
El topónimo se habría originado a partir de ese nombre personal y del sufijo latino -anus (Beraxanus), que fue derivando hasta Beasain; la conversión de -anus en -ain es muy frecuente en la zona vasco-navarra y también la defendieron Mitxelena y Caro Baroja.
Ha habido vacilación histórica al escribir el nombre por las distintas formas posibles de acentuarlo: según el INE, durante el siglo XIX fueron oficiales las formas Beásain y Beasáin; en el censo de 1897 se cambió a Beasain, y en el de 1930 se escribió con tilde dos veces. En español se escribe Beasáin porque el acento recae en la última sílaba y las vocales forman diptongo; en euskera se escribe Beasain, porque no usa tildes.