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El nombre del municipio se vincula al de la torre árabe de Ben Alup, que atestigua el paso de los árabes a partir del 711. Según una leyenda local, significa «hijo de la loba». Desde el punto de vista lingüístico, sin embargo, hay que notar que la raíz preindoeuropea lup- o lub-, que significa «fuente» o «agua», se asoció por homofonía en época romana con el lobo, lupus en latín, como ocurre en Guadalupe. El nombre vaciló entre Benalud y Benaluz hasta que se oficializó Benalup. Casas Viejas fue el nombre inicial del núcleo, y el municipio se llamó Benalup de Sidonia hasta 1991.
El municipio estuvo muy poblado en la prehistoria, como muestran los megalitos y el arte rupestre, como el Tajo de las Figuras. Alfonso X el Sabio conquistó Benalup en 1264, y las tierras del Castillo se vendieron en 1439 al concejo de Medina Sidonia. En el siglo XVI se construyó la ermita de Casas Viejas y alrededor se formó poco a poco un núcleo de población. Benalup dependió de Medina Sidonia hasta 1991, año en que consiguió la independencia.