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El nombre de Boadilla aparece desde 1208 como Bobadilla o Bovadilla. Según el profesor Jiménez de Gregorio, la palabra procede posiblemente del latín boa, que hace referencia a una planta parecida a un junco. Otros estudiosos no descartan un origen árabe, Boadil-la.
Debe descartarse totalmente que el nombre proceda del apellido de doña Beatriz de Boadilla, porque ese personaje vivió en el siglo XV, cuando el topónimo ya existía desde hacía dos siglos. Más bien el apellido De Boadilla es el que tiene su origen en la localidad.
Los orígenes de Boadilla como población se remontan a un pasado árabe, porque se han encontrado yacimientos que así lo corroboran, en concreto unos cimientos de argamasa de una supuesta mezquita y algunas sepulturas que posiblemente son árabes. Eso hace pensar que el propio nombre podría derivarse del árabe Boadil-la, lo que indicaría que durante un tiempo estuvo bajo dominio musulmán.