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Se cree que el topónimo procede del árabe «qal'a Zayd», «castillo de Zayd», y se formó en torno a una fortaleza que da nombre a la parte alta del pueblo. La existencia en Aragón de varios topónimos con el nombre propio Zayd (Beceite, Calaceite, Zaidín, Binaced, Vinaceite…), y del distrito de Zaydún al sur de la Marca Superior, sugiere la presencia de la minoría chií zaydí al este de Zaragoza. El nombre catalán es Calaceit.
El término es especialmente rico en yacimientos arqueológicos, en gran parte por los trabajos del arqueólogo calaceitano Juan Cabré, que descubrió, entre otras, las pinturas rupestres de Roca de los Moros, en el barranco del Calapatá de Cretas. Eso atrajo a otros investigadores, como Pere Bosch i Gimpera o Henri Breuil, y llevó al descubrimiento de las pinturas de Vallrovira y del sepulcro colectivo neolítico de Cañaret de Pallisetes, en 1919. De la Edad del Bronce se ha encontrado diverso instrumental, pero los restos más abundantes son del periodo ibérico.